Đơn vị, tổ chức kiểm toán không phải là cơ quan quản Nhà nước. Kiểm toán viên, tổ chức hoàn toàn độc lập trong các nhận xét, đánh giá, kết luận kiểm toán của mình. Kiểm toán viên hay tổ chức kiểm toán chỉ có quyền đánh giá, nhận xét, kết luận và phải có nghĩa vụ đánh giá, nhận xét, kết luận trung thực, chính xác về tổ chức HTX bị kiểm toán. Kiểm toán viên, tổ chức kiểm toán chỉ thực hiện tư vấn, chăm sóc hay bồi dưỡng nâng cao trình độ, giúp các NH HTX khắc phục các yếu kém, tồn tại. Bản thân kiểm toán viên, tổ chức kiểm toán không có quyền xử lí, xử phạt trong và sau khi kiểm toán. Chỉ có các cơ quan quản lí Nhà nước mới có quyền tối cao này, đó là quyền cấp và rút giấy phép hoạt động, quyền xử lí với các mức độ khác nhau như nhắc nhở, khiển trách, cảnh cáo, tuyên bố đưa vào tình trạnh kiểm soát đặc biệt,..
Kiểm toán viên, tổ chức kiểm toán chịu sự giám sát của cơ quan quản lí nhà nước và các báo cáo kiểm toán chỉ đựoc thừa nhận khi các tiêu chuẩn nghiêm ngặt đối với kiểm toán viên, các yêu cầu chi tiết và toàn diện về qui trình kiểm toán, qui chế kiểm toán, về qui mô, nội dung kiểm toán do cơ quan quản lí nhà nước ban hành được tuân thủ và thực hiện triệt để.
Như vậy có thể nói kiểm toán không thay thế và không thể thay thế thanh tra giám sát ngân hàng. Kiểm toán là một công cụ vô cùng quan trọng cho thanh tra giám sát ngân hàng, nó bổ sung giúp cho hoạt động thanh tra, giám sát cả hệ thống NH HTX vừa hữu hiệu hơn về chuyên môn, vừa hiệu quả hơn về kinh tế, chi phí.
Phạm Quang Vinh